El CIIR es un consorcio académico integrado por tres universidades: Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Universidad Diego Portales y Universidad Academia de Humanismo Cristiano.

Académicos de distintas facultades han desarrollado a los largo de los años diversos proyectos que rescatan la perspectiva intercultural en diversos ámbitos; entre los que se puede destacar el Centro de Desarrollo Local o el Museo Leandro Penchulef ubicado en el Campus Villarrica, que promueven la valorización del patrimonio local de la Región de la Araucanía. En el CIIR, participan académicos de las siguientes dependencias:

Desde 1979, el Campus Villarrica ha sido el espacio a través del cual la UC se ha vinculado con las comunidades indígenas desarrollando investigaciones que pongan en valor su cultura y avancen en el proceso de reconocimiento intercultural. A partir del establecimiento del CIIR en la zona, en 2013, esta vocación se ha potenciado de forma notable.

Esta universidad participa en el CIIR a través del Instituto de Investigación en Ciencias Sociales, ICSO, el cual reúne a los académicos de las escuelas y programas de la Facultad de Ciencias Sociales e Historia de la Universidad Diego Portales. Sus objetivos se vinculan con propiciar la colaboración académica entre investigadores provenientes de ciencia política, historia y sociología, especialmente en torno a temas de impacto e interés público. En cuanto a su trabajo en el CIIR, la UDP se inmiscuye en las investigaciones atinentes al ámbito de la consulta indígena, reconocimiento constitucional de los Pueblos Originarios y el desarrollo de políticas públicas con foco intercultural.

Esta universidad participa en el CIIR a través de su Escuela de Antropología, la cual cuenta con dos décadas de trayectoria. Su quehacer se ha destacado por fomentar el diálogo pluralista y la colaboración bajo un enfoque intercultural. Dentro de sus líneas de trabajo, sobresalen las de estudios étnicos y multiculturales, antropología visual y antropología urbana, desarrollando estas y otras áreas del conocimiento. Dentro del CIIR, los investigadores de la UAHC desarrollan investigaciones en ámbitos como etnogénesis, etnopolítica y comunidades indígenas y conflictos medioambientales.